STAGE - Ingénieur.e Recherche Bioinformatique – Intégration Omique (F/H)

L'organisation Virtual Twin of Human Technology de Dassault Systèmes est une équipe pluridisciplinaire dans des domaines technologiques, biologiques et biomédicaux de l'entreprise. Elle réalise une veille scientifique et technologique permanente ainsi que des prototypes logiciels pour évaluer l'applicabilité des nouvelles technologies et/ou des connaissances scientifiques pour une nouvelle dimension de la santé humaine. Par exemple, dans un but de prévention, la modélisation virtuelle et sa simulation vont devenir un élément clef pour les médecins qui peuvent transformer des informations très complexes en actes médicaux pratiques.

Au sein de l’équipe Metabolic Twin, notre projet d'estimation du risque cardiovasculaire pour des personnes à haut risque nous amène à développer des algorithmes d'intégration de données hétérogènes complexes permettant la mise en avant de diverses informations. Dans le cadre de ce projet, nous sommes amenés à échanger avec des cliniciens, des cardiologues ainsi que des académiques. Ainsi, pour présenter des résultats clairs et précis de manière intuitive et ergonomique, nous réfléchissons à développer une solution logicielle web pour tel objectif.

Vos missions

Lors de ce stage, vous développerez et intégrerez des pipelines à partir de données brutes issues d'expérience de séquençage d'ADN pour l'obtention de données utilisable et analysable par des méthodes statistiques. Cela comprend aussi le développement de méthodes d'analyse appliquées aux données de cellules uniques.

Vous travaillerez en étroite collaboration avec les ingénieurs de recherche de l’équipe Metabolic Twin ainsi que ceux du département Virtual Twin for Human. Vous devrez donc comprendre leur problématique et recenser les cas d’utilisation qu’ils font de leurs algorithmes permettant la conception d'une nouvelle solution.

Les étapes de travail suivantes devront être réalisées :

• Etat de l’art : identifier et analyser des pipelines bio-informatiques décrits dans la littérature

• Implémenter et adapter ces pipelines à partir des protocoles publiés

• Automatiser les différentes étapes d'analyse, du prétraitement à l'extraction de caractéristiques, en utilisant des outils et langages adaptés

• Synthétiser les travaux et les présenter aux autres membres de l'équipe

Vos qualifications

Actuellement en Master 2 / Bac+5 en Ecole d’ingénieur ou Université, vous vous spécialisez en Bioinformatique/Computational Biology et recherchez un stage entre 5 et 6 mois.

Compétences techniques souhaitées :

• Connaissances de données omiques et des outils bio-informatiques

• Connaissance d’un gestionnaire de pipeline type Nextflow et/ou Snakemake.

• Excellent niveau de programmation en Python et/ou R et/ou Java.

• Travail sous environnement Unix.

• Utilisation d'outils de conteneurisation (Docker, Podman).

• Une première expérience en développement de pipeline serait un vrai plus!

Compétences professionnelles souhaitées :

• Créativité et esprit de collaboration dans l'échange des idées avec les autres membres du département.

• Autonomie et force de proposition.

• Rigueur dans votre conduite technique du stage.

• Pédagogie dans la présentation et explication des résultats du stage.

Nous rejoindre c'est aussi

Intégrer une entreprise scientifique au cœur de l’innovation technologique, portée par une forte croissance depuis plus de 40 ans.

Principaux avantages et bénéfices :

• Environnement collaboratif et innovant

• Collaboration internationale

• Diversité des technologies, produits et solutions

• Engagement en faveur de la diversité et de l’inclusion